質問：親の所有土地を相続したので、相続を理由とする所有権移転登記をした際に、司法書士さんに「手数料が高いですね」と述べましたら、「ほとんど税金とかですよ」と言われました。内訳を見ると、登録免許税というのが結構高くなってます。登録免許税の金額に不服な場合に払わないでおいて、税務署とかから通知が来るまで待つということはできないのでしょうか。
回答：
所得税とかであれば、税務申告の際に、自分が算定した金額だけを納税し、税務署がそれで足らないと判断したときに、税務署から正申告せよという通知が来たり、税務署が一方的に不足税額を徴求する更正決定の通知が来たりするのを待つということができないわけではありません。
しかし、登録免許税の場合は、登録免許税に相当する登記官が言うとおりの金額の証紙を登記申請書に貼らなければ、登記申請を受けつけてもらえず、いつまで経っても、所有権移転の登記ができないままということになってしまいます。
（つまり、泣き寝入りということになります）
ただ、どうしても納得できないという場合、登録免許税どおりの金額の証紙を貼って登記申請し、登記が完了した後で、1年以内に、登記官（法務局）に対して、所轄の税務署長に過誤納金（納め過ぎた登録免許税）の還付をするように通知せよという請求を行うことができます。
もっとも、ほとんど全ての場合に、還付の通知をすべき理由がないという返事が登記官（法務局）から返ってくることになるので、それ以上に争おうとすれば、通常の税務関係と同様に、国税不服審判所に審査請求し、この審査請求も棄却されたら更に裁判所に提訴して訴訟で争うことになってきます。
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