回答:
所得税とかであれば、税務申告の際に、
自分が算定した金額だけを納税し、
税務署がそれで足らないと判断したときに、
税務署から修正申告せよという通知が来たり、
税務署が一方的に不足税額を徴求する更正決定の
通知が来たりするのを待つということが
できないわけではありません。
しかし、登録免許税の場合は、登録免許税に相当する
登記官が言うとおりの金額の証紙を登記申請書に
貼らなければ、登記申請を受けつけてもらえず、
いつまで経っても、所有権移転の登記ができないまま
ということになってしまいます。
(つまり、泣き寝入りということになります)
ただ、どうしても納得できないという場合、
登録免許税どおりの金額の証紙を貼って登記申請し、
登記が完了した後で、
1年以内に、登記官(法務局)に対して、
所轄の税務署長に過誤納金(納め過ぎた登録免許税)
の還付をするように通知せよという請求を行うことが
できます。
もっとも、ほとんど全ての場合に、
還付の通知をすべき理由がないという返事が登記官(法務局)
から返ってくることになるので、
それ以上に争おうとすれば、通常の税務関係と同様に、
国税不服審判所に審査請求し、この審査請求も棄却されたら
更に裁判所に提訴して訴訟で争うことになってきます。