回答：

 

所得税とかであれば、税務申告の際に、

自分が算定した金額だけを納税し、

税務署がそれで足らないと判断したときに、

税務署から修正申告せよという通知が来たり、

税務署が一方的に不足税額を徴求する更正決定の

通知が来たりするのを待つということが

できないわけではありません。

 

しかし、登録免許税の場合は、登録免許税に相当する

登記官が言うとおりの金額の証紙を登記申請書に

貼らなければ、登記申請を受けつけてもらえず、

いつまで経っても、所有権移転の登記ができないまま

ということになってしまいます。

（つまり、泣き寝入りということになります）

 

ただ、どうしても納得できないという場合、

登録免許税どおりの金額の証紙を貼って登記申請し、

登記が完了した後で、

1年以内に、登記官（法務局）に対して、

所轄の税務署長に過誤納金（納め過ぎた登録免許税）

の還付をするように通知せよという請求を行うことが

できます。

 

もっとも、ほとんど全ての場合に、

還付の通知をすべき理由がないという返事が登記官（法務局）

から返ってくることになるので、

それ以上に争おうとすれば、通常の税務関係と同様に、

国税不服審判所に審査請求し、この審査請求も棄却されたら

更に裁判所に提訴して訴訟で争うことになってきます。